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天然產(chǎn)物生物合成:化學(xué)原理與酶學(xué)機(jī)制
《天然產(chǎn)物生物合成:化學(xué)原理與酶學(xué)機(jī)制》首先概述了天然產(chǎn)物的主要類別,然后詳細(xì)討論了六種不同類別天然產(chǎn)物形成的化學(xué)邏輯,并介紹了天然產(chǎn)物生物合成途徑中關(guān)鍵酶的結(jié)構(gòu)生物學(xué)、功能和機(jī)制,最后對基因組依賴和非基因組依賴的天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)的主要方法進(jìn)行了總結(jié)和討論。本書作者是國際上天然產(chǎn)物生物合成領(lǐng)域的學(xué)者,圖書內(nèi)容豐富,對學(xué)科發(fā)展的把握和領(lǐng)悟比較準(zhǔn)確。本書的信息量非常大,對于那些有興趣更好地理解天然產(chǎn)物是如何由簡單的初級代謝合成砌塊組裝而成的高年級本科生、研究生和科研人員來說,它都是一本必不可少的教材和工具書。
一、關(guān)于生物合成天然產(chǎn)物的經(jīng)典著作; 二、原著作者 唐奕 和 克里斯托弗. 沃爾什 是美國及國際知名的生物合成專家; 三、內(nèi)容新穎,全面。涵蓋了主要類型天然產(chǎn)物(聚酮化合物、肽、核苷、類異戊二烯/萜類化合物、生物堿、苯丙素和糖苷)的生物合成 四、編寫方式不是百科全書式的,也不是闡明每一種亞型天然產(chǎn)物或有趣的化學(xué)官能團(tuán),而是將每一種天然產(chǎn)物結(jié)構(gòu)類型所遵循的化學(xué)原理編成法典; 五、在每一類天然產(chǎn)物中都講述了幾種簡單的反應(yīng)類型,有些在初級代謝中常見,有些在次級代謝途徑中比初級代謝途徑更頻繁。
譯者前言
天然產(chǎn)物是新藥發(fā)現(xiàn)的重要源泉。隨著基因組學(xué)、生物信息學(xué)、分子生物學(xué)、分子遺傳學(xué)與天然產(chǎn)物化學(xué)的不斷發(fā)展與交叉融合,天然產(chǎn)物的研究出現(xiàn)了新的發(fā)展機(jī)遇與挑戰(zhàn)。在近二十年來,成千上萬的微生物基因組和植物基因組不斷被測序,如何利用這些基因組數(shù)據(jù)來高效地發(fā)現(xiàn)自然界中的新天然產(chǎn)物,以及它們在生物體內(nèi)如何形成與調(diào)控,有何生理與藥理作用,這些問題已成為后基因組時代天然產(chǎn)物研究的重點和熱點!禢atural Product Biosynthesis: Chemical Logic and Enzymatic Machinery》就是一本關(guān)于在基因和蛋白水平上闡釋天然產(chǎn)物生物合成的教科書級的完整專著,它匯集了研究天然產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)與生物合成的現(xiàn)代方法與基礎(chǔ)知識。 本書首先概述了天然產(chǎn)物的主要類別,然后詳細(xì)討論了六種不同類別天然產(chǎn)物形成的化學(xué)原理,并介紹了天然產(chǎn)物生物合成途徑中關(guān)鍵酶的結(jié)構(gòu)生物學(xué)、功能和機(jī)制,最后對基因組依賴和非基因組依賴的天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)的主要方法進(jìn)行了總結(jié)和討論。本書的信息量非常大,對于那些有興趣更好地理解天然產(chǎn)物是如何由簡單的初級代謝合成砌塊組裝而成的高年級本科生、研究生和科研人員來說,它都是一本必不可少的教材和工具書。 我們與化學(xué)工業(yè)出版社合作,承擔(dān)了本書的翻譯工作。希望本書的出版能夠加深本領(lǐng)域科研人員對天然產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)與生物合成研究模式的理解,并掌握天然產(chǎn)物生物合成過程中的化學(xué)原理與酶學(xué)機(jī)制。 在翻譯過程中,我們尊重原著的行文方式和敘述風(fēng)格,力求翻譯準(zhǔn)確科學(xué)。但由于水平所限,疏漏及不妥之處在所難免,殷切希望廣大讀者批評指正。 感謝中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所天然藥物活性物質(zhì)與功能國家重點實驗室的部分工作人員和研究生(柏健、閆道江、劉冰語、張亞龍、張樂、張晨、劉安安、劉家旺、鐘貝芬、張禧林、鄭曉明、謝麗媛)參與了部分翻譯工作。同時感謝西南大學(xué)鄒懿教授、上海交通大學(xué)唐滿成教授、福建師范大學(xué)李力教授、中國科學(xué)院微生物研究所尹文兵研究員和劉玲研究員、中國海洋大學(xué)李德海教授以及浙江大學(xué)毛旭明教授等參與譯稿的校對。感謝中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所于德泉院士為本書作序。 最后,我們向化學(xué)工業(yè)出版社的領(lǐng)導(dǎo)和編輯表示衷心感謝,他們在本書的策劃、翻譯和出版過程中付出了飽滿的熱情與辛勤的勞動。 胡友財 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所 2020年7月 前 言 天然產(chǎn)物這個詞對不同的受眾有不同的影響。一方面,基于“天然的就是好的”這個簡單且由來已久的前提,消費者對天然有機(jī)食品、補(bǔ)品和保健食品的興趣持續(xù)存在。對于化學(xué)家和藥學(xué)家(研究天然藥用物質(zhì)的專家)而言,天然產(chǎn)物的研究共同涉及分子本身,其分離、結(jié)構(gòu)表征與初始功能表征(化學(xué)家)以及它們在人類急、慢性疾病治療中的作用(藥學(xué)家)。在最近幾十年中,特定的天然產(chǎn)物,如渥曼青霉素、布雷菲德菌素、星形孢菌素、trapoxin等很多天然產(chǎn)物,已成為細(xì)胞生物學(xué)家研究信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞生長和分裂、蛋白質(zhì)分泌以及細(xì)胞凋亡的幾乎所有方面的有力工具。 從歷史上看,天然產(chǎn)物在民間醫(yī)學(xué)中已使用了至少4500年,可追溯到早期的埃及和蘇美爾的文字記錄。從19世紀(jì)最初的幾十年開始,化學(xué)家開始分離純的生物堿。以1817年的嗎啡開始,標(biāo)志著延續(xù)了幾千年使用含多種混合物的植物提取物變成使用純的單分子制劑的第一個主要轉(zhuǎn)折點。在過去的兩個世紀(jì)中,來自植物、真菌和細(xì)菌的天然產(chǎn)物庫的表征推動了有機(jī)化學(xué)的許多概念和實踐的進(jìn)展。這些工具包括質(zhì)譜分析儀和復(fù)雜的二維高場核磁共振(NMR)等分析工具,貫穿了天然產(chǎn)物全合成的黃金時代。對于藥物化學(xué)家而言,不同類別天然產(chǎn)物的骨架已成為新藥半合成及全合成方法的起點和/或靈感(例如從鬼臼毒素到依托泊苷,從星形孢菌素轉(zhuǎn)化為很多合成的雜環(huán)蛋白激酶抑制劑)。 第二個主要轉(zhuǎn)折點激起了天然產(chǎn)物領(lǐng)域的復(fù)興,它就是過去二十年中成千上萬個微生物基因組可被獲取以及一些植物基因組探索的開始。對天然產(chǎn)物生物合成能力的生物信息學(xué)分析,又稱基因組挖掘,已成為化學(xué)、生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)交叉領(lǐng)域的核心學(xué)科。除了將提及的微生物生物合成基因是簇集的(因此更容易被發(fā)現(xiàn)、查詢和整體遷移)這個前提外,生物信息學(xué)分析還顯示,許多放線菌、黏細(xì)菌和真菌均具有約30~50個可預(yù)測的聚酮化合物、非核糖體肽以及萜烯生物合成基因簇。在標(biāo)準(zhǔn)實驗室培養(yǎng)技術(shù)下,此類菌株通常產(chǎn)生1~5種天然產(chǎn)物:因此,要探索的天然產(chǎn)物的范圍立即增加了一個數(shù)量級。假設(shè)在接下來十年左右的時間內(nèi)發(fā)現(xiàn)20000個微生物基因組序列,這將為所示的三類天然產(chǎn)物提供約106個生物合成基因簇,其中有99%以上尚未被研究。此外,大量植物和真菌生物堿以及植物衍生的苯丙素類化合物并未計算在上述預(yù)測中。 在這個天然產(chǎn)物研究復(fù)興的時期,可以通過許多研究途徑來發(fā)現(xiàn)自然界中未被發(fā)現(xiàn)的新分子。在許多治療領(lǐng)域,從感染性疾。é-內(nèi)酰胺類抗生素,紅霉素,四環(huán)素,氨基糖苷類)到癌癥(長春新堿,紫杉醇)、免疫抑制劑(環(huán)孢菌素,雷帕霉素,F(xiàn)K506)、降血脂藥(洛伐他。,天然產(chǎn)物成為確有療效的新藥的主要貢獻(xiàn)者。天然產(chǎn)物的未知骨架將在多大程度上繼續(xù)闡明新的治療方式,這是后基因組時代的一個挑戰(zhàn),同時也是新的機(jī)遇。 本書涵蓋了主要類型天然產(chǎn)物(聚酮化合物,肽,核苷,類異戊二烯/萜類化合物,生物堿,苯丙素和糖苷)的生物合成。本書的編寫不是百科全書式的,也不是闡明每一種亞型天然產(chǎn)物或有趣的化學(xué)官能團(tuán),而是將每一種天然產(chǎn)物結(jié)構(gòu)類型所遵循的化學(xué)原理加以整理,因為它們都是由初級代謝產(chǎn)物的合成砌塊組裝而成。在每一類天然產(chǎn)物中都講述了幾種簡單的反應(yīng)類型,有些在初級代謝中常見,有些在次級代謝途徑中比初級代謝途徑更頻繁出現(xiàn)。 在上述提及的七種天然產(chǎn)物中,只有聚酮類化合物(PK)和非核糖體肽(NRP)兩種是在酶裝配線上構(gòu)建的,其中生長鏈作為硫酯共價連接到載體蛋白結(jié)構(gòu)域上。雜合的非核糖體肽-聚酮骨架包含一些自然界中最具治療意義的分子(雷帕霉素,F(xiàn)K506,博來霉素,埃博霉素),它們在PK和NRP雜合裝配線上被合成。聚酮酶化學(xué)的主要反應(yīng)是用于C-C鍵形成的迭代性脫羧硫代克萊森縮合反應(yīng),其本質(zhì)上是碳負(fù)離子化學(xué)。 而異戊二烯類/萜類化合物作為目前最多的一類天然產(chǎn)物,擁有超過5萬個已知分子,是由利用可擴(kuò)散的底物、中間體和產(chǎn)物的酶組裝而成的。該類化合物的化學(xué)原理基本上是碳正離子化學(xué)。這種方式始于從Δ2-異戊烯基-PP合成砌塊開始的烯丙基碳正離子的形成,通過烷基化縮合形成特定骨架,在該骨架上陽離子會誘導(dǎo)一些劇烈的骨架重排。從三萜類的角鯊烯和2,3-氧化角鯊烯環(huán)化成為四環(huán)和五環(huán)產(chǎn)物骨架,使得由陽離子驅(qū)動的反應(yīng)流繼續(xù)進(jìn)行,并突出了C-C鍵形成反應(yīng)中雙鍵π電子的親核作用。 與產(chǎn)物骨架中基本不含氮原子的聚酮化合物、異戊二烯類和苯丙素類化合物相反,肽、核苷和生物堿中所含的氮是這幾類物質(zhì)的核心。數(shù)量最多同時也是結(jié)構(gòu)上最多樣化的一類天然產(chǎn)物包括生物堿,部分原因是它們是根據(jù)雜環(huán)中至少有一個堿性氮的最低標(biāo)準(zhǔn)來進(jìn)行實驗定義的,該標(biāo)準(zhǔn)源于游離堿和鹽形式之間來回變化的分離方案。生物堿的范圍從簡單的單環(huán)胺到極其復(fù)雜的骨架:鴉片類、有毒物質(zhì)士的寧、抗瘧的奎寧、二聚的抗腫瘤藥長春花生物堿——長春堿和長春新堿。 這幾類天然產(chǎn)物骨架成熟的普遍特征之一是通過加氧酶對新生產(chǎn)物骨架進(jìn)行修飾。加氧酶很少用于初級代謝途徑,甾體類除外(而且由于存在過多的植物甾體骨架,人們可能會將甾體歸為初級代謝和次級代謝之間的橋梁)。 相比而言,加氧酶常在植物和微生物次級代謝產(chǎn)物的成熟過程中發(fā)揮作用。一個特別明顯的例子是在C20的異戊二烯類化合物紫杉二烯周圍引入八個氧原子,從而生成微管蛋白抑制劑和抗卵巢癌藥物紫杉醇。 我們對加氧酶進(jìn)行了詳細(xì)介紹,這是因為加氧酶不僅是天然產(chǎn)物酶學(xué)機(jī)制的關(guān)鍵因素,而且在碳自由基的形成和均裂的C-C鍵形成中發(fā)揮作用。我們注意到在許多情況下,分子氧還原可生成酶結(jié)合的高價氧鐵,從而引發(fā)底物C-H鍵均裂。在某些情況下,分子內(nèi)C-C或C-X鍵的形成與純粹的羥化產(chǎn)生競爭。在這些情況下,氧氣的輸入是隱性的,但反應(yīng)流是基于自由基的,這與聚酮類化合物和異戊二烯類化合物中異裂的C-C鍵形成流相反。苯丙素類化合物木脂素骨架也是通過苯氧自由基二聚酶學(xué)機(jī)制構(gòu)建的。 另外兩章專門討論酶的類別,這些酶通常不會在其他主題中作為天然產(chǎn)物生物合成的特征被提及。其中之一是S-腺苷甲硫氨酸(SAM),其功能不是大家熟知的作為[CH3+]的供體來進(jìn)攻共底物的親核試劑,而是作為自由基引發(fā)劑,繼續(xù)通過自由基中間體形成C-C鍵。在兩種極端情況下(需氧時使用O2,而厭氧時使用SAM和四鐵/四硫簇酶),自由基化學(xué)在各種天然產(chǎn)物骨架的C-C鍵形成過程中發(fā)揮作用。 第二個重點章節(jié)涉及天然產(chǎn)物糖苷。糖通常被視為天然產(chǎn)物成熟后再需考慮的物質(zhì),基本上在每一類天然產(chǎn)物的定位、溶解性和功能活性方面都有許多用途。由生物合成基因簇中編碼的酶催化的特定脫氧己糖和氨基脫氧己糖的生物合成證明了這些途徑中糖基部分的重要性。葡萄糖或核糖作為親電試劑在C1′處被激活的化學(xué)原理揭示了所有糖基化天然產(chǎn)物都通過C1′連接的原因。 本書的最后部分探討了天然產(chǎn)物分離的策略,從歷史上重要的藥用產(chǎn)物的分離到后基因組時代面臨的如何從幾十萬個未驗證的基因簇中優(yōu)選出可產(chǎn)生新骨架和新活性的基因簇的挑戰(zhàn)。鑒于遺傳學(xué)、基因組學(xué)、合成生物學(xué)、異源表達(dá)和基因簇激活等新方法的深度融合,考慮到當(dāng)前這些技術(shù)可能很快就會過時,因而我們不會對某一項技術(shù)進(jìn)行深入介紹。相反,我們是進(jìn)行概述,并提出關(guān)于標(biāo)準(zhǔn)建立的戰(zhàn)略性問題,以增加發(fā)現(xiàn)具有新穎結(jié)構(gòu)和功能特性的天然產(chǎn)物的可能性。
主編:克里斯托弗·沃爾什(Walsh)教授曾在麻省理工學(xué)院和哈佛醫(yī)學(xué)院任教,現(xiàn)在斯坦福大學(xué)的ChEM-H研究所工作。唐 奕(Yi Tang)是加州大學(xué)洛杉磯分校化學(xué)與生化工程系和化學(xué)系教授。他們已經(jīng)發(fā)表了三百多篇有關(guān)主要天然產(chǎn)物生物合成的研究論文。他們的研究小組闡明了可用于組裝聚酮化合物,非核糖體肽和翻譯后修飾的新蛋白,氧化異戊二烯骨架,肽基核苷和真菌生物堿的化學(xué)原理和新型酶。通過對真菌基因組進(jìn)行測序以鑒定新的生物合成基因簇,工程酵母細(xì)胞中的異源表達(dá),過量生產(chǎn),分離和結(jié)構(gòu)表征,他們在幾類天然產(chǎn)物中鑒定了基因,由基因編碼的酶和新穎的次級代謝產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)。
譯者:胡友財,中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所,研究員,博士生導(dǎo)師,國家“”青年項目入選者,國家自然科學(xué)基金優(yōu)青科學(xué)基金獲得者,北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院“協(xié)和學(xué)者”特聘教授。 研究方向:天然產(chǎn)物化學(xué)和天然藥物生物合成研究。在天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)方面,成功利用基因組挖掘技術(shù)激活真菌中的沉默基因簇,發(fā)現(xiàn)大量常規(guī)條件下難以產(chǎn)生的活性化合物。在生物合成方向成功解析了潛在抗腫瘤藥細(xì)胞松弛素E、蛋白磷酸酶2A抑制劑Rubratoxin A以及Caspase 3抑制劑Duclauxin等重要分子的生物合成機(jī)制,發(fā)現(xiàn)多種功能獨特的適用于合成生物學(xué)的生物元器件。 擔(dān)任《Acta Pharmaceutica Sinica B》、《Chinese Chemical Letters》、《Chinese Journal of Natural Medicines》、《藥學(xué)學(xué)報》、《天然產(chǎn)物研究與開發(fā)》青年編委; 《中國中藥雜志》第十二屆編委。兼任北京藥學(xué)會第十六屆理事會理事、北京藥學(xué)會天然藥物專業(yè)委員會副主任委員、中國菌物學(xué)會菌物化學(xué)專業(yè)委員會副主任委員。
第Ⅰ部分 天然產(chǎn)物簡介
第1章 天然產(chǎn)物骨架的主要類型及生物合成酶學(xué)機(jī)制003 1.1 引言 003 1.2 初級代謝和次級代謝產(chǎn)物 006 1.3 聚酮類天然產(chǎn)物 008 1.4 肽類天然產(chǎn)物 010 1.5 異戊二烯/萜類天然產(chǎn)物 014 1.6 生物堿 017 1.7 含嘌呤和嘧啶的天然產(chǎn)物 021 1.8 苯丙素 021 1.9 糖基化的天然產(chǎn)物 022 1.10 天然產(chǎn)物骨架的多樣性來自有限的合成砌塊和有限的酶家族 026 1.11 次級代謝途徑中一些值得注意的和不尋常的轉(zhuǎn)化 028 1.12 廣泛存在于天然產(chǎn)物生物合成途徑中的加氧酶 029 1.13 天然產(chǎn)物生物合成中的碳-碳鍵 030 1.14 同位素標(biāo)記實驗驗證生物合成假說 034 1.15 對天然產(chǎn)物檢測和表征的方法 036 1.16 小結(jié):不同類型的天然產(chǎn)物具有不同的組裝原理 038 1.17 卷尾 038 參考文獻(xiàn) 039 第Ⅱ部分 六類天然產(chǎn)物 第2章 聚酮類天然產(chǎn)物045 2.1 引言 045 2.2 聚酮類化合物具有多種多樣的骨架結(jié)構(gòu)和治療價值 047 2.3 作為脂肪酸和聚酮類化合物合成砌塊的乙酰輔酶A、丙二酸單酰輔酶A及丙二酸單酰-S-;d體蛋白 048 2.4 脂肪酸生物合成原理及酶學(xué)機(jī)制適用于聚酮合酶 050 2.5 聚酮合酶(PKS) 053 2.6 主要聚酮結(jié)構(gòu)的生物合成 058 2.7 聚酮合酶裝配線上或線下經(jīng)[4+2]環(huán)化而成的聚酮類化合物:協(xié)同進(jìn)行還是逐步進(jìn)行? 065 2.8 多烯亞類的聚酮化合物 076 2.9 源自聚酮的聚醚類代謝產(chǎn)物 079 2.10 聚酮與其他天然產(chǎn)物在合成途徑上的融合 084 2.11 裝配線下的后修飾酶 087 參考文獻(xiàn) 088 第3章 多肽來源的天然產(chǎn)物095 3.1 引言 095 3.2 核糖體與非核糖體氨基酸的寡聚特性 098 3.3 使新生蛋白具有變形緊湊骨架的翻譯后修飾:RIPPs 100 3.4 非核糖體肽合成酶裝配線:形成高度變形肽骨架的替代途徑 117 3.5 非蛋白源氨基酸合成砌塊 118 3.6 NRPS裝配線原理:啟動、起始、延伸、終止 123 3.7 NRPS終止步驟中的不同鏈釋放方式 126 3.8 NRPS裝配線的結(jié)構(gòu)特征 130 3.9 肽鏈的裝配線前、裝配線上以及裝配線下修飾 132 3.10 NRP-PK雜合體:機(jī)制和實例 133 3.11 小結(jié) 141 參考文獻(xiàn) 142 第4章 異戊二烯類/萜類147 4.1 基于異戊二烯的骨架結(jié)構(gòu)蘊(yùn)含種類最豐富的天然產(chǎn)物 147 4.2 2-及3-異戊二烯基焦磷酸是生物體中用于頭-尾式烷烴鏈延伸的異戊二烯合成砌塊 148 4.3 長鏈異戊烯基焦磷酸骨架 150 4.4 合成IPP異構(gòu)體的兩條途徑:經(jīng)典及非經(jīng)典途徑 152 4.5 兩分子2-IPP間的自縮合形成菊;h(huán)丙基骨架 155 4.6 碳正離子引發(fā)的骨架重排及淬滅 156 4.7 頭-頭及頭-尾模式的烷基化偶聯(lián):C30和C40萜類化合物 164 4.8 角鯊烯2,3-氧化物及環(huán)化的三萜 167 4.9 由八氫番茄紅素生成胡蘿卜素和維生素A 182 4.10 異戊二烯類與其他類天然產(chǎn)物之間的反應(yīng) 187 4.11 由焦磷酸香葉酯生成裂環(huán)馬錢素:異胡豆苷及上千種生物堿的前體 191 參考文獻(xiàn) 194 第5章 生物堿199 5.1 引言 199 5.2 生物堿家族的分類 200 5.3 生物堿生物合成途徑中常見的酶促反應(yīng) 202 5.4 三種芳香氨基酸用作生物堿的合成砌塊 207 5.5 色氨酸用作生物堿的合成砌塊 218 5.6 以鄰氨基苯甲酸作為起始和延伸單元用于構(gòu)建真菌肽基生物堿的復(fù)雜性 226 5.7 由色氨酸生成吲哚并咔唑類生物堿 233 5.8 由色氨酸氧化二聚化形成terrequinone 236 5.9 其他生物堿:甾體生物堿 237 5.10 小結(jié) 240 參考文獻(xiàn) 241 第6章 嘌呤和嘧啶衍生的天然產(chǎn)物245 6.1 引言 245 6.2 DNA和RNA中各嘌呤和嘧啶間的配對 246 6.3 RNA世界的遺跡 249 6.4 嘌呤和嘧啶的經(jīng)典生物合成路徑 250 6.5 咖啡因、可可堿和茶堿 252 6.6 植物異戊烯基腺嘌呤:細(xì)胞分裂素 253 6.7 核糖核苷酸的成熟及嘌呤和嘧啶天然產(chǎn)物的修飾 254 6.8 肽基核苷 261 6.9 小結(jié) 269 參考文獻(xiàn) 270 第7章 苯丙素類天然產(chǎn)物的生物合成275 7.1 引言 275 7.2 由苯丙氨酸生成對香豆酰輔酶A 277 7.3 單木質(zhì)醇、木脂素和木質(zhì)素的生物合成 281 7.4 從對香豆酰輔酶A到所有其他類型苯丙素 290 7.5 從查爾酮到黃烷酮類化合物等 296 7.6 肉桂酸來源的苯丙素類 305 7.7 最后留意一種不同的苯丙素途徑:酪氨酸作為質(zhì)體醌和生育酚類的前體 310 7.8 小結(jié) 313 參考文獻(xiàn) 314 第8章 吲哚萜類:生物堿Ⅱ319 8.1 引言 319 8.2 由色氨酸生成三環(huán)骨架的兩條途徑:β-咔啉和吡咯并吲哚 319 8.3 以Trp-Xaa二酮哌嗪NRPS裝配線產(chǎn)物為底物的區(qū)域選擇性異戊烯基化 322 8.4 吲哚環(huán)上的七個親核位點:豐富的可能性 325 8.5 真菌中由DKP產(chǎn)生色氨酸來源的生物堿 329 8.6 細(xì)菌中五環(huán)吲哚咔唑類化合物的形成 335 8.7 長春堿類化合物:從異胡豆苷到水甘草堿再到文多靈 337 8.8 鞘絲藻毒素:單一生物合成途徑中吲哚環(huán)上的單電子和雙電子反應(yīng)模式 339 8.9 由色氨酸生成環(huán)匹阿尼酸 343 8.10 小結(jié) 346 參考文獻(xiàn) 346 第Ⅲ部分 天然產(chǎn)物生物合成途徑中的關(guān)鍵酶 第9章 天然產(chǎn)物碳-碳鍵形成中的碳自由基353 A.加氧酶 B.氧依賴型鹵代酶 9.1 引言 353 9.2 初級代謝與次級代謝中的加氧酶 355 9.3 氧化酶與加氧酶 358 9.4 加氧酶中的有機(jī)和無機(jī)輔因子 361 9.5 鐵依賴的加氧酶和黃素依賴的加氧酶催化的加氧反應(yīng)的范疇與機(jī)制 363 9.6 特定天然產(chǎn)物途徑中的加氧酶 370 9.7 碳自由基與羥基自由基捕獲的解偶聯(lián):天然產(chǎn)物生物合成中鐵依賴酶的次要還是核心目的? 381 9.8 氧依賴型鹵代酶 389 9.9 底物氟化的非氧化途徑:氟化酶 397 9.10 小結(jié):高價鐵(高價鐵氧物種)反應(yīng)中間體的化學(xué)多功能性 397 參考文獻(xiàn) 399 第10章 S-腺苷甲硫氨酸:生物合成中單電子和雙電子反應(yīng)形式407 10.1 引言 407 10.2 SAM的有氧自由基化學(xué)反應(yīng) 411 10.3 SAM的厭氧自由基化學(xué)反應(yīng) 415 10.4 自由基SAM酶的反應(yīng)范疇 419 10.5 SAM用作輔酶 422 10.6 SAM作為可消耗的底物:無甲基轉(zhuǎn)移 425 10.7 惰性碳中心的甲基化:消耗兩分子SAM生成兩組不同的產(chǎn)物 433 10.8 SAM的反應(yīng)性和功能總結(jié) 439 參考文獻(xiàn) 440 第11章 低聚糖和糖苷類天然產(chǎn)物445 11.1 引言 445 11.2 葡萄糖是初級代謝中主要的己糖 452 11.3 糖基化天然產(chǎn)物的展示 461 11.4 NDP-葡萄糖轉(zhuǎn)變?yōu)镹DP-修飾己糖的化學(xué)邏輯 467 11.5 糖基轉(zhuǎn)移酶與糖苷酶的平衡:氰苷和硫代葡萄糖苷 474 11.6 氨基糖苷類:沒有苷元的寡糖 480 11.7 卡那霉素、妥布霉素、新霉素 481 11.8 鏈霉素 483 11.9 默諾霉素類 484 11.10 小結(jié) 488 參考文獻(xiàn) 488 第Ⅳ部分 基因組非依賴性和基因組依賴性的天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn) 第12章 天然產(chǎn)物的分離和表征:不依賴基因的方法 493 12.1 引言 493 12.2 天然產(chǎn)物分離方法的歷史和現(xiàn)狀 493 12.3 特定天然產(chǎn)物的分離和表征 496 12.4 研究實例:歷史與現(xiàn)狀 499 12.5 五種植物來源的天然產(chǎn)物 500 12.6 三種微生物代謝產(chǎn)物 508 12.7 天然產(chǎn)物庫的擴(kuò)充 511 參考文獻(xiàn) 532 第13章 后基因組時代的天然產(chǎn)物539 13.1 引言 539 13.2 利用生物信息學(xué)和計算來預(yù)測生物合成基因簇 544 13.3 膦酸酯類天然產(chǎn)物:基因組學(xué)能定義出完整的集合嗎? 546 13.4 異源表達(dá)系統(tǒng)概述 550 13.5 途徑重構(gòu)的精選實例 552 13.6 細(xì)菌基因組中基于生物信息學(xué)的天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn) 562 13.7 大腸桿菌中的異源表達(dá) 563 13.8 利用代謝工程產(chǎn)生多樣化產(chǎn)物 566 13.9 采用即插即用的方法從細(xì)菌克隆轉(zhuǎn)錄沉默的未知功能基因簇 569 13.10 后基因組時代的比較代謝組學(xué) 571 參考文獻(xiàn) 574 主題詞索引 578
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