目錄
第一章 生物信息學使用環(huán)境搭建1
第一節(jié) Linux系統(tǒng)簡介1
一、免費獲取1
二、跨平臺的硬件支持1
三、豐富的軟件支持1
四、多用戶多任務2
五、可靠的安全性2
六、良好的穩(wěn)定性2
七、完善的網(wǎng)絡功能2
第二節(jié) Linux操作系統(tǒng)安裝及基本配置3
一、Linux發(fā)行版介紹3
二、Linux操作系統(tǒng)的安裝5
三、Windows XP系統(tǒng)與Fedora 18共存12
四、Linux下的遠程訪問配置14
五、遠程訪問工具使用15
六、Cygwin工具的使用20
七、WinSCP25
八、使用SCP終端命令在Windows和Linux之間傳輸文件27
第二章 Linux與生物信息學29
第一節(jié) Linux文件系統(tǒng)介紹29
第二節(jié) Linux基本命令介紹30
一、絕對基本命令30
二、文件和目錄操作命令32
第三節(jié) Linux環(huán)境下Vi編輯器的使用51
一、啟動Vi編輯器51
二、幾種模式切換51
三、編輯相關命令51
四、查找和替換命令53
第四節(jié) Shell編程基礎55
第三章 基因序列比對57
第一節(jié) BLAST比對57
一、BLAST介紹57
二、BLAST程序介紹57
三、BLAST程序安裝58
第二節(jié) BLAT比對65
一、BLAT介紹65
二、下載BLAT65
三、編譯安裝BLAT65
四、運行BLAT66
五、BLAT運行實例66
六、在線運行BLAT67
第三節(jié) Clustal W多序列比對67
一、簡介67
二、下載Clustal W68
三、安裝Clustal W68
四、運行Clustal W程序68
五、命令方式運行Clustal W69
六、在線方式運行Clustal W72
第四章 基因芯片分析74
第一節(jié) 引言74
第二節(jié) DNA微陣列分析74
一、DNA微陣列實驗介紹75
二、解釋微陣列數(shù)據(jù)77
三、對微陣列數(shù)據(jù)進行處理77
四、對微陣列數(shù)據(jù)進行相似性分析79
五、對DNA微陣列數(shù)據(jù)進行聚類分析81
六、自組織映射82
七、對DNA微陣列數(shù)據(jù)進行差異表達分析83
八、DNA微陣列數(shù)據(jù)分析相關工具88
第五章 RNA-seq分析91
第一節(jié) 引言91
第二節(jié) 分析流程91
一、數(shù)據(jù)準備92
二、軟件準備92
三、RNA-seq分析過程93
第六章 蛋白質結構預測108
第一節(jié) 概論108
第二節(jié) 從頭預測法110
第三節(jié) 反向折疊方法112
一、折疊數(shù)據(jù)庫的準備112
二、建立合適的勢函數(shù)112
三、折疊模式的確定113
四、蛋白最終模型的建立113
第四節(jié) 同源建模113
一、同源參考蛋白的搜索114
二、結構保守區(qū)域的確定115
三、序列比對115
四、模型搭建115
五、模型的優(yōu)化與評估117
六、同源建模的應用和展望118
第五節(jié) 蛋白結構預測中常用的網(wǎng)站127