1925年，竺可楨辭去了在該校的職務(wù)，到了上海。在商務(wù)印書館中，竺可楨擔任史地部部長。在這里，竺可楨潛心研究，發(fā)表著作，先后完成了《論江浙兩省人口密度》、《北宋沈括對于地學(xué)之貢獻與紀述》、《論以歲差定（尚書·堯典）四仲中星之年代》等著作。1926年，竺可楨任教于南開大學(xué)，擔任地理學(xué)教授。在這里，竺可楨繼續(xù)研究，完成了《直隸地理的環(huán)境和水災(zāi)》一書。同一年，日本東京召開了第三屆泛太平洋學(xué)術(shù)會議，竺可楨加入了中國的代表團。
　　竺可楨在擔任地理學(xué)教授的同時，還要主持學(xué)校的日常工作。在教學(xué)中，竺可楨培養(yǎng)出黃廈千、沈孝等加入第一批中國近代氣候?qū)W人才。同時，竺可楨還積極加入中國科學(xué)社。不久后，國民政府北伐戰(zhàn)爭取得決定性的勝利，由于意識到氣象研究在現(xiàn)代化戰(zhàn)爭中的重要性，國民政府著手組建中國中央研究院。研究院設(shè)有觀象臺籌備委員會，下設(shè)天文、氣象兩所研究所。在中國氣象學(xué)研究上，頗有名氣的只有竺可楨，于是他便擔任氣象研究所的所長。當時的中國因為長期的內(nèi)戰(zhàn)，本就貧弱的國民經(jīng)濟大受打擊，政府財政拮據(jù)，在科研教育上，自然不會投入太多的資金。加上中國科學(xué)技術(shù)的落后，氣象研究所的條件極差，可以說是白手起家。
　　在極端落后的條件下，竺可楨沒有退縮，他首先領(lǐng)導(dǎo)了我國氣象臺站網(wǎng)的建設(shè)。在他的《全國設(shè)立氣象測候所計劃書》中，計劃在未來的十年內(nèi)，在全國建成10座氣象臺，150處測候所和1000處雨量測候所，開創(chuàng)了中國近代氣候科學(xué)事業(yè)的先河。到1941年，竺可楨先后辦了十九處氣象臺，自行籌建的有九座。這些氣象所奠定了我國氣象學(xué)研究的基礎(chǔ)。
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