目錄
前言
第1章 合成生物學(xué)概述 1
1.1 合成生物學(xué)概念 2
1.2 合成生物學(xué)研究的核心內(nèi)容 5
1.2.1 生物成分標(biāo)準(zhǔn)模塊化設(shè)計(jì)和構(gòu)建 7
1.2.2 中心法則的再設(shè)計(jì)和構(gòu)建 8
1.2.3 生物網(wǎng)絡(luò)的設(shè)計(jì)和構(gòu)建 9
1.2.4 底盤基因組的設(shè)計(jì)和構(gòu)建 14
1.2.5 基因組合成 16
1.3 合成生物學(xué)的研究策略和方法 18
1.3.1 合成策略和方法 18
1.3.2 分析策略和方法 25
1.4 合成生物學(xué)的應(yīng)用研究 26
1.4.1 設(shè)計(jì)和構(gòu)建新的生物大分子 26
1.4.2 設(shè)計(jì)和構(gòu)建新的途徑／網(wǎng)絡(luò) 27
1.4.3 合成傳感器 29
1.4.4 合成生物學(xué)用于藥物發(fā)現(xiàn)、生產(chǎn)和治療 31
1.4.5 合成生物學(xué)用于控制代謝流量 32
1.4.6 工程細(xì)胞 33
1.4.7 合成生態(tài)系統(tǒng) 34
1.5 設(shè)計(jì)與構(gòu)建新的遺傳系統(tǒng) 35
1.6 合成生物學(xué)面臨的問題和挑戰(zhàn) 36
1.6.1 表征、標(biāo)準(zhǔn)化和模塊化 36
1.6.2 噪聲的處理 36
1.6.3 表觀遺傳 37
1.6.4 計(jì)算工具 37
1.6.5 程序化抽提 37
1.6.6 合成生物學(xué)結(jié)果處理 38
1.6.7 元件不相容問題 38
1.7 社會(huì)及倫理問題 38
1.8 結(jié)束語 38
參考文獻(xiàn) 39
第2章 分子酶學(xué)工程概要 41
2.1 引言 42
2.2 酶分子進(jìn)化工程 43
2.2.1 酶定向進(jìn)化 43
2.2.2 酶的混雜性和多專一性的進(jìn)化及新酶設(shè)計(jì) 46
2.3 蛋白酶分子工程 55
2.3.1 DNA加工酶分子工程 55
2.3.2 結(jié)構(gòu)域和模塊工程 58
2.3.3 程序化合成酶和合成催化 61
2.4 核酸酶分子工程 65
2.4.1 基于基序體外選擇核酶 65
2.4.2 DNAzyme——“生物學(xué)意義”的合成酶 67
2.5 酶分子的計(jì)算設(shè)計(jì) 69
2.5.1 酶活性部位的計(jì)算設(shè)計(jì) 70
2.5.2 配體進(jìn)出路徑的計(jì)算設(shè)計(jì) 71
2.5.3 蛋白質(zhì)問相互作用界面的計(jì)算設(shè)計(jì) 73
2.5.4 止、負(fù)及中性突變的計(jì)算分析 73
2.5.5 酶穩(wěn)定性的計(jì)算設(shè)計(jì) 75
2.5.6 展望 75
2.6 酶分子的從頭設(shè)計(jì) 76
2.6.1 Kemp消除酶的從頭設(shè)計(jì) 76
2.6.2 逆醇醛縮合酶的從頭設(shè)計(jì) 78
2.6.3 Diels-Alder（狄爾斯-阿爾德）酶的從頭設(shè)計(jì) 82
2.7 從工程酶到工程酶系統(tǒng)再到工程生命 84
參考文獻(xiàn) 86
第3章 合成生物元件、裝置和生物模塊 87
3.1 引言 88
3.2 合成生物元件、裝置、系統(tǒng)和模塊的定義 89
3.2.1 元件 89
3.2.2 裝置 89
3,2.3 系統(tǒng) 89
3.2.4 生物模塊 90
3.2.5 生物骨架 91
3.3 合成蛋白質(zhì)元件 92
3.3.1 蛋白質(zhì)合成生物學(xué)基礎(chǔ) 92
3.3.2 合成非天然蛋白質(zhì)元件 93
3.3.3 基于基序合成蛋白質(zhì)元件 96
3.4 合成蛋白質(zhì)裝置 101
3.4.1 基于分子相互作用合成蛋白質(zhì)裝置 101
3.4.2 基于結(jié)構(gòu)域合成蛋白質(zhì)裝置 103
3.5 合成RNA元件 107
3.5.1 RNA傳感器 108
3.5.2 RNA調(diào)節(jié)器 108
3.6 合成RNA裝置 112
3.6.1 傳感器和調(diào)節(jié)器元件直接偶聯(lián)的RNA裝置 112
3.6.2 不同信息傳遞功能整合的RNA裝置 112
3.6.3 功能組成骨架結(jié)構(gòu)——模塊組裝裝置 1 13
3.6.4 天然核開關(guān) 115
3.6.5 設(shè)計(jì)核酶和RNA邏輯裝置 115
3.6.6 合成RNA裝置的各種技術(shù) 117
3.6.7 合成RNA元件和裝置的應(yīng)用研究 1 18
3.7 合成DNA元件和裝置 119
3.7.1 合成DNA元件庫——iGEM Registry 119
3.7.2 合成啟動(dòng)子 120
3.7.3 合成動(dòng)態(tài)DNA裝置 120
3.8 結(jié)束語 123
參考文獻(xiàn) 124
第4章 合成基因（或蛋白質(zhì)）網(wǎng)絡(luò) 127
4.1 引言 128
4.2 合成基因（或蛋白質(zhì)）線路 129
4.2.1 邏輯基因線路 129
4.2.2 功能基因線路 133
4.3 合成基因（或蛋白質(zhì)）網(wǎng)絡(luò) 136
4.3.1 合成轉(zhuǎn)錄基因網(wǎng)絡(luò) 137
4.3.2 合成轉(zhuǎn)錄后基因網(wǎng)絡(luò) 140
4.3.3 合成信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò) l42
4.3.4 合成宿主界面基因網(wǎng)絡(luò) 143
4.3.5 合成跨細(xì)胞基因網(wǎng)絡(luò) 144
4.4 定向進(jìn)化基因線路與網(wǎng)絡(luò) 146
4,4 I合成生物學(xué)與基因表達(dá)的進(jìn)化 146
4.4.2 合成基因線路與網(wǎng)絡(luò)的重構(gòu)、工程化 148
4.4.3 組合合成與基因網(wǎng)絡(luò)的定向進(jìn)化 152
4.4.4 工程化基因網(wǎng)絡(luò)的機(jī)遇與挑戰(zhàn) 154
4.5 合成基因線路與網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用 155
4.5.1 合成基因線路與網(wǎng)絡(luò)在醫(yī)藥工業(yè)領(lǐng)域中的應(yīng)用 155
4.5.2 合成基因線路與網(wǎng)絡(luò)在生物能源領(lǐng)域中的應(yīng)用 156
4.5.3 合成基因線路與網(wǎng)絡(luò)用丁構(gòu)建生物傳感系統(tǒng) 156
4.6 結(jié)束語 157
參考文獻(xiàn) 158
第5章 合成生物系統(tǒng) 161
5.1 引言 162
5.2 從頭合成基因組 162
S 2.1 從頭合成基因組的相關(guān)概念 163
5.2.2 合成基因組的基本路線 164
5.2.3 合成基因和基因組的方法 164
5.3 合成簡化的生物系統(tǒng) 174
5.3.1 最小基因組和必需基因 174
5.3.2 人工合成脊髓灰質(zhì)炎病毒 175
5.3.3 合成基因組控制的X174噬菌體 176
5.3.4 重構(gòu)T7噬芮體 177
5.3.5 重構(gòu)1918年西班牙流感病毒 177
5.3.6 嵌合基因組細(xì)胞 178
5.3.7 重組有活性的蝙蝠SARS樣冠狀病毒 178
5.3.8 轉(zhuǎn)化生殖支原體 179
S 3.9 人造基因組控制的活細(xì)胞 180
5.4 合成多細(xì)胞系統(tǒng) 181
S 4.1 概述 181
5.4.2 合成多細(xì)胞系統(tǒng)的基礎(chǔ)研究 182
S 4.3 合成多細(xì)胞系統(tǒng)的一些應(yīng)用 191
5.5 無細(xì)胞合成生物系統(tǒng) 194
S 5.1 概述 194
5.5.2 無細(xì)胞合成生物系統(tǒng)中蛋白質(zhì)合成的機(jī)制和優(yōu)越性 195
S 5.3 主要的無細(xì)胞合成生物系統(tǒng) 196
5.5.4 無細(xì)胞合成生物系統(tǒng)的生要應(yīng)用 197
5.5.5 前景展望 199
參考文獻(xiàn) 199
第6章 合成代謝途徑 205
6.1 引言 206
6.2 合成代謝途徑的定向進(jìn)化 207
6.2.1 合成代謝途徑定向進(jìn)化策略 207
6.2.2 類胡蘿卜素生物合成途徑定向進(jìn)化 210
6.3 合成代謝途徑的構(gòu)建與最佳化 214
6.3.1 合成代謝途徑的構(gòu)建 214
6.3.2 合成代謝途徑的最佳化 216
6.4 合成代謝途徑中關(guān)鍵酶分了工程 217
6.4.1 酶水平的合成生物學(xué) 218
6.4.2 途徑水平的合成生物學(xué) 221
6.5 合成代謝途徑的設(shè)計(jì) 226
6.5.1 現(xiàn)有代謝途徑的再設(shè)計(jì) 228
6.5.2 從頭合成代謝途徑 231
6.6 合成代謝途徑的調(diào)控 234
6.6.1 通過操縱子調(diào)控合成代謝途徑 235
6.6.2 多基因表達(dá)調(diào)控 235
6.7 結(jié)束語 237
參考文獻(xiàn) 237
第7章 合成酶學(xué) 241
7.1 引言 242
7.2 合成藥物 242
7.2.1 青蒿素 243
7.2.2 聚酮化合物 248
7.3 合成能源 252
7.3.1 合成氧 252
7.3.2 醇 264
7.3.3 生物柴油 277
7.4 合成生物質(zhì)產(chǎn)品或材料 281
7.4.1 葡萄糖二酸 281
7.4.2 聚乳酸 283
7.5 結(jié)束語 284
參考文獻(xiàn) 285