本文在借鑒相關研究成果的基礎上，搜集、梳理主體功能區(qū)和綜交通運輸體系發(fā)展研究的相關資料，按照我國主體功能區(qū)規(guī)劃的戰(zhàn)略任務和戰(zhàn)略目標，著眼于主體功能區(qū)與綜合交通運輸發(fā)展的相互作用及相互影響的關系研究，引入系統(tǒng)動力學、協(xié)同學、區(qū)域經(jīng)濟等相關理論，從兩者相互影響和相互反饋的機理出發(fā)，建立了綜合交通運輸基礎設施建設經(jīng)濟效益模型和區(qū)域經(jīng)濟空間作用模型，說明了綜合交通運輸發(fā)展對主體功能區(qū)的影響，建立了主體功能區(qū)約束下，交通基礎設施承載力模型，說明了主體功能區(qū)建設對綜合交通運輸?shù)姆答佔饔茫�利用系統(tǒng)動力學模型分析主體功能區(qū)和綜合交通運輸之間的因果關系和反饋機制，利用協(xié)同學原理分析主體功能區(qū)和綜合交通運輸協(xié)同發(fā)展的機理，并對兩者之間的協(xié)同度進行量化的研究計算。本文最后以新疆為實例，對已建立的理論和模型進行了計算，在證明模型有效性的同時，給新疆主體功能區(qū)建設與綜合交通運輸發(fā)展提出建議。