本書是Springer/Humana出版社出版的《分子生物學(xué)方法》（Methods in Molecular Biology）系列叢書之第2456卷，主要介紹了基于質(zhì)譜分析的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在系統(tǒng)生物學(xué)研究中的應(yīng)用，著重于技術(shù)方法，輔以相關(guān)理論及注意事項(xiàng)。在研究對象方面，涵蓋了目前生物或醫(yī)藥研究領(lǐng)域常用的細(xì)菌、真菌、植物、動物和人類等物種；包括了組織、細(xì)胞、細(xì)胞器、分子等不同層面的蛋白質(zhì)組學(xué)，還包括了健康（生理）或疾病（病理）狀態(tài)下蛋白質(zhì)組的變遷。在研究過程方面，從起初的樣本制備（甚至更早期的植物樣本培育），到中間的樣本處理和檢測、數(shù)據(jù)采集和分析，再到最后的深度挖掘，給讀者一個全鏈條的逐步操作指南。對于一些重要的操作環(huán)節(jié)，則通過“注釋”的方式進(jìn)一步拓展，幫助更深入地了解相關(guān)步驟的關(guān)鍵或其理論支撐。本書除作為蛋白質(zhì)組學(xué)專業(yè)人員或質(zhì)譜領(lǐng)域技術(shù)人員的操作指南外，還可幫助其他專業(yè)領(lǐng)域的人員如何通過該技術(shù)解決本專業(yè)遇到的技術(shù)問題。
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先后主持國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目五項(xiàng)、973前期研究專項(xiàng)和山東省杰出青年基金各一項(xiàng)。
目錄
第一章 蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)流程中的隱蔽成本 1
Aicha Asma Houfani and Leonard James Foste
第二章 基于dia-PASEF技術(shù)和高通量質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué) 9
Patricia Skowronek and Florian Meier
第三章 小鼠腦組織去垢劑不溶性蛋白質(zhì)的分離及數(shù)據(jù)非依賴性采集定量分析 18
Cristen Molzahn, Lorenz Nierves, Philipp F. Lange, and Thibault Mayor
第四章 嚙齒動物肺組織樣品制備和鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)分析 33
Hadeesha Piyadasa, Ying Lao, Oleg Krokhin, and Neeloffer Mookherjee
第五章 用于細(xì)菌蛋白質(zhì)組學(xué)分析的蛋白質(zhì)純化和消化方法 40
Nicole Hansmeier, Samrachana Sharma, and Tzu-Chiao Chao
第六章 利用靶向胞膜的Subtiligase繪制細(xì)胞表面蛋白水解圖譜 46
Aspasia A. Amiridis and Amy M. Weeks
第七章 組織和液體活檢樣本的N末端組學(xué) 55
Anthonia Anowai, Sameeksha Chopra, Barbara Mainoli,Daniel Young, and Antoine Dufour
第八章 HUNTER：通過N端富集對微量樣本蛋白水解系統(tǒng)進(jìn)行表征的高靈敏自動方案 62
Anuli C. Uzozie, Janice Tsui, and Philipp F. Lange
第九章 胰島的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)和細(xì)胞器蛋白質(zhì)組學(xué) 80
Ozum Sehnaz Caliskan, Giorgia Massacci, Natalie Krahmer, and Francesca Sacco
第十章 真菌病原體全磷酸化譜分析及磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備 91
Brianna Ball, Jonathan R.Krieger, and Jennifer Geddes-McAlister
第十一章 以糖肽為中心的微生物糖蛋白質(zhì)組表征方法 99
Nichollas E. Scott
第十二章 利用多蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)開展整合集成網(wǎng)絡(luò)探究 111
Rafe Helwer and Vincent C. Chen
第十三章 啤酒酵母分子復(fù)合體的單步親和純化方法及靶向交聯(lián)質(zhì)譜分析 119
Christian Trahan and Marlene Oeffinge
第十四章 微管相關(guān)蛋白結(jié)構(gòu)分析的交聯(lián)質(zhì)譜方法 135
Atefeh Rafiei and David C. Schriemer
第十五章 應(yīng)用生物素鄰近標(biāo)記技術(shù)對核受體進(jìn)行互作組學(xué)作圖 143
Lynda Agbo, Sophie Anne Blanchet, Pata-Eting Kougnassoukou Tchara, Amélie Fradet-Turcotte,and Jean-Philippe Lambert
第十六章 通過蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫挖掘揭示功能性假基因 155
Anna Meller and Francois-Michel Boisvert
第十七章 細(xì)菌病原體-宿主互作蛋白質(zhì)組學(xué)分析揭示新型抗菌策略 162
Arjun Sukumaran and Jennifer Geddes-McAlister
第十八章 沙門菌感染致小鼠巨噬細(xì)胞“修飾膜”蛋白質(zhì)組學(xué)解析 169
Tzu-Chiao Chao, Samina Thapa, and Nicole Hansmeier
第十九章 互作蛋白質(zhì)組學(xué)在分子制藥中的應(yīng)用 177
Ni cholas Prudhomme, Jonathan R.Krieger, Michael D. McLean,Doug Cossar, and Jennifer
Geddes-McAlister
第二十章 對小麥赤霉病發(fā)病機(jī)制的無標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析 185
Boyan Liu, Danisha Johal, Mitra Serajazari, and Jennifer Geddes-McAlister
第二十一章 數(shù)據(jù)非依賴型采集蛋白質(zhì)組學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)幫助快速鑒定生物樣本中的細(xì)菌類別 193
Florence Roux-Dalvai, Mickael Leclercq, Clarisse Gotti, and Arnaud Droit
第二十二章 新型生物信息學(xué)策略促進(jìn)動態(tài)宏蛋白質(zhì)組學(xué)研究 206
Caitlin M. A. Simopoulos, Daniel Figeys, and Mathieu Lavallée-Adam
第二十三章 MaxQuant模塊鑒定多肽基因組變異的應(yīng)用 218
Pavel Sinitcyn, Maximilian Gerwien, and Jürgen Cox
第二十四章 真菌種群的非靶向代謝組學(xué)分析 224
Thomas E. Witte and David P. Overy
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