A 總論 001
第一章 緒論 002
第一節(jié)　分析藥理學(xué)發(fā)展歷程和研究意義 002
第二節(jié)　分析藥理學(xué)的內(nèi)涵和主要研究內(nèi)容 004
參考文獻 005


B 生物樣品 007
第二章 生物樣本的采集與儲存 008
第一節(jié)　概述 008
第二節(jié)　生物樣本的采集 008
一、體液樣本的采集 008
二、組織樣本的采集 013
三、頭發(fā)與糞便樣本的采集 014
四、細胞樣本的采集 015
第三節(jié)　生物樣本的儲存 024
一、低溫儲存 024
二、常溫儲存 026
第四節(jié)　生物樣本庫 027
一、生物樣本庫的定義與類型 027
二、生物樣本庫建設(shè)現(xiàn)狀 028
三、生物樣本庫的應(yīng)用 028
參考文獻 029

第三章 生物樣本處理方法 031
第一節(jié)　核酸樣本前處理方法 031
一、核酸的基本結(jié)構(gòu)和性質(zhì) 031
二、 DNA提取純化的基本原理和方法 032
三、 RNA提取純化的基本原理和方法 034
四、循環(huán)核酸的性質(zhì)和分離純化 037
五、核酸樣本質(zhì)量控制方法 038
第二節(jié)　蛋白質(zhì)樣本前處理方法 041
一、蛋白質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)和性質(zhì) 041
二、蛋白質(zhì)提取分離純化的原理和方法 041
三、基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)樣本制備 044
四、蛋白質(zhì)組學(xué)樣本質(zhì)量控制方法 051
第三節(jié)　代謝物樣本的制備方法 054
一、基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)樣本制備方法 054
二、代謝組學(xué)樣品質(zhì)量控制方法 059
第四節(jié)　基于前沿技術(shù)的分析樣本制備及應(yīng)用 062
一、基于單細胞樣本制備 062
二、基于質(zhì)譜成像的樣本制備 062
三、基于高內(nèi)涵成像的樣本制備及應(yīng)用 063
四、納米材料用于樣本制備 065
參考文獻 067


C 分析方法 069
第四章 基于質(zhì)譜的組學(xué)分析方法 070
第一節(jié)　基于質(zhì)譜的組學(xué)分析方法概述 070
一、組學(xué)技術(shù) 070
二、組學(xué)計劃及研究對象 070
三、多組學(xué)研究的質(zhì)譜技術(shù) 071
第二節(jié)　質(zhì)譜分析方法用于多組學(xué)分析的基本原理 073
一、質(zhì)譜法檢測物質(zhì)質(zhì)量變化 073
二、ESI 液質(zhì)聯(lián)用儀的原理 074
三、生物分子的檢測 075
第三節(jié)　質(zhì)譜分析方法在組學(xué)研究中的進展 090
一、單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展 090
二、空間代謝組學(xué)的發(fā)展 093
參考文獻 096

第五章 常用PCR分析方法 098
第一節(jié)　概述 098
第二節(jié)　聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR） 098
一、PCR的基本原理 098
二、PCR的反應(yīng)體系 099
三、PCR的主要應(yīng)用 100
第三節(jié) 實時熒光定量PCR 101
一、實時熒光定量PCR的基本原理 101
二、實時熒光定量PCR的應(yīng)用 102
第四節(jié)　巢式PCR 103
一、巢式PCR的基本原理 103
二、巢式PCR的分類 103
三、巢式PCR的應(yīng)用 104
第五節(jié)　數(shù)字PCR 105
一、數(shù)字PCR的基本原理 105
二、數(shù)字PCR的應(yīng)用 106
第六節(jié)　其他PCR 相關(guān)技術(shù)進展 107
一、反向PCR 107
二、橋式PCR 108
三、原位PCR 108
四、PCR芯片 109
參考文獻 110

第六章 常用流式細胞術(shù) 112
第一節(jié)　概述 112
第二節(jié)　流式細胞術(shù)的基本原理 112
一、儀器構(gòu)造 112
二、工作原理 114
第三節(jié)　流式細胞術(shù)的基本應(yīng)用 115
一、細胞表面標(biāo)志物的檢測 115
二、細胞凋亡檢測 116
三、細胞增殖檢測 117
四、細胞因子檢測 118
五、細胞分選 119
第四節(jié)　流式細胞術(shù)在藥理學(xué)研究中的應(yīng)用 119
一、腫瘤藥理學(xué) 119
二、心血管藥理學(xué) 120
三、神經(jīng)藥理學(xué) 121
四、臨床藥理學(xué) 122
第五節(jié)　流式細胞術(shù)在毒理學(xué)中的應(yīng)用 124
一、免疫毒理學(xué) 124
二、遺傳毒理學(xué) 125
三、生殖毒理學(xué) 125
四、血液學(xué)評價 126
五、致癌性評價 126
第六節(jié)　流式細胞儀的研究進展 127
一、流式細胞儀的研發(fā)概述 127
二、新型流式細胞儀 128
參考文獻 130

第七章 常用顯微鏡技術(shù) 135
第一節(jié)　概述 135
第二節(jié)　常用顯微鏡技術(shù)的發(fā)展史 135
第三節(jié)　常用顯微鏡技術(shù) 137
一、普通光學(xué)顯微鏡技術(shù) 137
二、熒光顯微鏡技術(shù) 139
三、激光掃描共聚焦顯微成像技術(shù) 144
四、電子顯微鏡技術(shù) 145
第四節(jié)　超分辨成像技術(shù) 147
參考文獻 148

第八章 常用分子成像分析方法 151
第一節(jié)　概述 151
一、分子成像的產(chǎn)生 151
二、分子成像的定義和原理 152
三、分子成像與傳統(tǒng)影像的比較 153
第二節(jié) 常用分子成像技術(shù) 154
一、放射性核素顯像 154
二、X射線計算機斷層成像 160
三、光學(xué)成像 162
四、超聲成像 171
五、磁共振成像 172
六、常用分子成像技術(shù)比較 176
七、分子成像技術(shù)進展 177
第三節(jié)　分子成像在藥學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用 180
一、分子成像在新藥研發(fā)過程中的應(yīng)用 181
二、分子成像在臨床中的應(yīng)用 184
參考文獻 187

第九章 常用生物芯片分析法 189
第一節(jié) 生物芯片分析法概述 189
一、概述 189
二、生物芯片的分類 190
三、生物芯片的起源與發(fā)展 191
第二節(jié) 基因芯片分析 191
一、概述 191
二、基因芯片的基本原理 192
三、基因芯片的特點 194
四、基因芯片的應(yīng)用 194
五、展望 197
第三節(jié)　蛋白質(zhì)芯片分析 198
一、概述 198
二、蛋白質(zhì)芯片的基本原理 198
三、蛋白質(zhì)芯片的特點 201
四、應(yīng)用 202
五、前景以及存在問題 204
第四節(jié)　細胞芯片 204
一、概述 204
二、常見的細胞芯片 205
三、細胞芯片的應(yīng)用 207
四、展望 208
第五節(jié)　器官芯片 208
一、概述 208
二、器官芯片的基本原理 209
三、器官芯片的特點 211
四、器官芯片的應(yīng)用 212
五、展望 212
參考文獻 213

第十章 常用免疫學(xué)分析方法 216
第一節(jié)　概述 216
一、免疫分析法的分類 216
二、免疫分析法的基本原理 217
三、免疫分析法在藥理學(xué)中的應(yīng)用發(fā)展 218
第二節(jié)　放射免疫分析法 219
一、放射免疫分析法的基本原理 219
二、放射免疫分析技術(shù)的藥理學(xué)應(yīng)用示例 220
第三節(jié)　酶免疫分析技術(shù) 221
一、酶免疫分析技術(shù)的常用標(biāo)記酶及底物 221
二、酶聯(lián)免疫吸附測定 222
三、細胞計數(shù)實驗 225
四、免疫組織化學(xué) 227
第四節(jié)　化學(xué)發(fā)光免疫分析技術(shù) 229
一、化學(xué)發(fā)光免疫分析技術(shù)基本原理及分類 229
二、蛋白質(zhì)印跡 233
三、免疫沉淀 237
四、免疫熒光 241
參考文獻 244

第十一章 常用生物學(xué)分析方法 246
第一節(jié)　熒光探針 246
一、概述 246
二、熒光共振能量轉(zhuǎn)移原理 247
三、常見熒光材料匯總 248
四、應(yīng)用示例 249
第二節(jié)　表面等離子體共振 250
一、概述 250
二、表面等離子體共振原理 251
三、應(yīng)用示例 252
第三節(jié)　放射元素標(biāo)記 253
一、概述 253
二、檢測原理 254
三、應(yīng)用示例 254
第四節(jié)　報告基因法 256
一、概述 256
二、常見報告基因法 256
三、應(yīng)用示例 257
第五節(jié)　基因測序 259
一、概述 259
二、納米孔測序技術(shù) 259
三、應(yīng)用示例 260
參考文獻 260

第十二章 常用基因編輯技術(shù) 264
第一節(jié)　概述 264
第二節(jié)　常用基因編輯技術(shù)的基本原理 266
一、鋅指核酸酶技術(shù) 266
二、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物核酸酶技術(shù) 266
三、成簇規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列相關(guān)蛋白技術(shù) 267
四、單堿基編輯技術(shù) 269
第三節(jié)　基因編輯技術(shù)的應(yīng)用和優(yōu)缺點 270
一、ZFN技術(shù) 270
二、TALEN技術(shù) 271
三、CRISPR-Cas9技術(shù) 273
四、單堿基編輯技術(shù) 277
第四節(jié)　基因編輯技術(shù)展望 278
參考文獻 280

第十三章 常用醫(yī)藥大數(shù)據(jù)分析 283
第一節(jié) 概述 283
一、藥效學(xué) 283
二、藥代動力學(xué) 284
三、藥理學(xué)數(shù)據(jù)分析涉及的概念 284
第二節(jié) 藥理學(xué)研究設(shè)計與統(tǒng)計分析 285
一、藥理學(xué)與數(shù)理統(tǒng)計 285
二、藥理學(xué)研究設(shè)計與統(tǒng)計分析 288
第三節(jié)　定量藥理學(xué)與模型引導(dǎo) 292
一、群體藥代動力學(xué)/ 藥效學(xué)分析 293
二、藥代動力學(xué)- 藥效學(xué)模型 294
三、模型引導(dǎo)分析 295
第四節(jié)　數(shù)據(jù)庫在藥理學(xué)中的發(fā)展與應(yīng)用 297
一、綜合性數(shù)據(jù)庫 297
二、藥效學(xué)數(shù)據(jù)庫 299
三、藥代動力學(xué)數(shù)據(jù)庫 301
四、中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫 302
五、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫 303
六、其他藥理學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫 304
第五節(jié)　人工智能在藥理學(xué)研究中的應(yīng)用 305
一、定義 305
二、人工智能在藥物研發(fā)中的應(yīng)用 306
三、人工智能在個體化用藥中的應(yīng)用 311
第六節(jié)　大數(shù)據(jù)在藥理學(xué)中的發(fā)展及應(yīng)用 312
一、定義 312
二、大數(shù)據(jù)在藥物研發(fā)中的應(yīng)用 313
三、藥理學(xué)研究中的其他大數(shù)據(jù)領(lǐng)域 318
參考文獻 320


D 典型案例 321
第十四章 基于化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)的藥物靶標(biāo)發(fā)現(xiàn) 322
第一節(jié)　概述 322
一、新藥研發(fā)策略和藥物靶標(biāo)發(fā)現(xiàn) 322
二、基于化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)的藥物靶標(biāo)發(fā)現(xiàn) 323
第二節(jié)　基于化學(xué)改性的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù) 324
一、直接捕獲靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)技術(shù) 325
二、競爭性靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)技術(shù) 328
第三節(jié)　不基于化學(xué)改性的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù) 333
一、基于酶解穩(wěn)定性的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)技術(shù) 334
二、基于熱穩(wěn)定性的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)技術(shù) 338
三、基于氧化穩(wěn)定性的靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)技術(shù) 343
四、基于氨基酸可及性變化的靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)方法 345
第四節(jié)　展望 348
參考文獻 348

第十五章 代謝調(diào)控與藥物靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)和轉(zhuǎn)化 351
第一節(jié) 概述 351
第二節(jié)　新興的代謝組學(xué)技術(shù)及其應(yīng)用 352
一、代謝流技術(shù) 352
二、空間分辨的代謝組學(xué)技術(shù) 357
第三節(jié)　代謝組學(xué)技術(shù)在腫瘤靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用 362
一、三羧酸循環(huán) 362
二、谷氨酰胺代謝 364
三、一碳代謝 365
第四節(jié)　代謝組學(xué)技術(shù)在腸- 腦相關(guān)疾病靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用 369
一、腸道菌群代謝產(chǎn)物TMAO與心血管疾病 369
二、多巴胺與帕金森病 372
第五節(jié)　展望 376
參考文獻 376

第十六章 生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和分析典型案例 379
第一節(jié)　生物標(biāo)志物概述 379
一、生物標(biāo)志物的定義 379
二、生物標(biāo)志物的分類 380
三、生物標(biāo)志物的類型 381
四、生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn) 382
五、理想的生物標(biāo)志物 382
第二節(jié)　基于基因組學(xué)的生物標(biāo)志物開發(fā) 383
一、非小細胞肺癌——血液腫瘤突變負荷 383
二、食管癌——基因組拷貝數(shù) 384
第三節(jié)　基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)的生物標(biāo)志物開發(fā) 385
一、非小細胞肺癌PD-L1免疫治療——漿細胞 385
二、非酒精性脂肪肝 387
第四節(jié)　基于蛋白質(zhì)組學(xué)的生物標(biāo)志物開發(fā) 388
一、卵巢癌 388
二、口腔鱗狀細胞癌 389
三、酒精相關(guān)肝病 390
第五節(jié)　基于代謝組學(xué)的生物標(biāo)志物開發(fā) 392
一、癌代謝物——2-HG 393
二、動脈粥樣硬化 393
三、早期肺腺癌 394
四、肥厚型心肌病 395
第六節(jié)　基于表觀組學(xué)的生物標(biāo)志物開發(fā) 396
一、前列腺癌 396
二、膀胱癌 398
參考文獻 399

第十七章 藥物代謝和藥物轉(zhuǎn)運分析典型案例 400
第一節(jié)　藥物代謝和藥物轉(zhuǎn)運概述 400
一、藥物代謝和藥物代謝酶 400
二、藥物轉(zhuǎn)運和藥物轉(zhuǎn)運體 401
三、藥物轉(zhuǎn)運體- 代謝酶協(xié)同介導(dǎo)細胞對藥物的處置 402
四、代謝性藥物- 藥物相互作用 403
五、代謝酶和轉(zhuǎn)運體表達改變對藥物有效性和安全性的影響 404
第二節(jié)　藥物代謝酶和轉(zhuǎn)運體介導(dǎo)的藥物-藥物相互作用研究案例 404
一、基于CYPs抑制和誘導(dǎo)的藥物- 藥物相互作用研究 404
二、基于UGTs 和轉(zhuǎn)運體抑制的DDI研究案例 407
第三節(jié)　轉(zhuǎn)運體介導(dǎo)藥物組織分布研究案例 410
一、BCRP和MDR1限制吉非替尼進入腦組織 410
二、OCT2介導(dǎo)氯化兩面針堿的腎臟積聚 412
三、OAT2和ENT1在恩替卡韋肝臟轉(zhuǎn)運和抗病毒活性中的作用研究 414
第四節(jié)　轉(zhuǎn)運體和藥物代謝酶協(xié)同介導(dǎo)藥物處置研究案例 416
第五節(jié)　以藥物轉(zhuǎn)運體為靶標(biāo)的藥物增敏研究案例 419
第六節(jié)　基于藥物代謝酶調(diào)節(jié)機制的潛在藥物靶標(biāo)研究案例 424
一、CYP1B1在肝癌組織中高表達致紫杉醇耐藥 424
二、MLL-menin抑制劑MI-2下調(diào)肝細胞癌細胞系中CYP1B1的蛋白質(zhì)水平 425
三、MI-2與紫杉醇合用可以協(xié)同增強紫杉醇對肝細胞癌細胞系的毒性 425
四、MI-2和紫杉醇可以促進CDX和PDX模型中微管蛋白聚合并提高紫杉醇抗腫瘤活性 426
參考文獻 428


E 分析方法驗證 431
第十八章 生物標(biāo)志物分析方法驗證 432
第一節(jié)　qPCR 分析方法驗證 432
一、特異性 432
二、靈敏度 433
三、線性范圍 433
四、精密度和準(zhǔn)確度 433
五、基質(zhì)干擾和回收率 433
六、穩(wěn)定性 434
第二節(jié)　生物標(biāo)志物驗證 434
一、生物標(biāo)志物分析方法驗證 434
二、生物標(biāo)志物臨床確證 438
參考文獻 439