比較人類與其他動(dòng)物的基因可以知道，在人的雛形——類人猿之前，人的基因與許多動(dòng)物相似，而且與特別低等的動(dòng)物也有很多相似之處。證據(jù)之一是果蠅基因組的完全測(cè)序。果蠅的基因至少有一半與哺乳動(dòng)物的基因相似，而且果蠅的基因中有177個(gè)與人體中引起疾病的基因相似。在這些相似的基因中，果蠅含有人類已知的癌癥基因的67％，其中有抗癌基因P53，在已查明的引起人類腎病的8個(gè)基因中，果蠅含有7個(gè)，而且果蠅基因中也包含引起人類神經(jīng)疾病和神經(jīng)肌肉疾病的基因。不僅如此，在線蟲、酵母等低等生物中也發(fā)現(xiàn)了與人類基因相似的基因，而這些基因大多是引起人類疾病的基因。
    與人類的約30億個(gè)堿基對(duì)相比，果蠅基因的堿基對(duì)只有1.8億對(duì)，自然說(shuō)明了低等動(dòng)物與高等動(dòng)物之間的巨大差異。但果蠅有177個(gè)基因與人體中引起疾病的基因相似也說(shuō)明了另一些問(wèn)題。首先，果蠅的基因有與人相似的基因說(shuō)明生物進(jìn)化的總原則，從無(wú)機(jī)到有機(jī)，從低級(jí)到高級(jí)，而且在類人猿之前，人與低等動(dòng)物擁有過(guò)更早的共同祖先，而且很有可能人也是從果蠅這種低等動(dòng)物進(jìn)化而來(lái)的。
    其次，在進(jìn)化中，一些不好的基因同樣伴隨著人和動(dòng)物，但是在人身上體現(xiàn)為引起疾病，而在動(dòng)物身上并不一定引發(fā)疾病，這又說(shuō)明了動(dòng)物與人的適應(yīng)環(huán)境的能力是不一樣的，究竟誰(shuí)好誰(shuí)壞、誰(shuí)高誰(shuí)低還難以評(píng)說(shuō)。
    達(dá)爾文早就論斷，人是從猴子進(jìn)化而來(lái)的。但是，基因中蘊(yùn)含的信息卻對(duì)此假說(shuō)提出了一些挑戰(zhàn)。先是南非自然博物館的研究人員提出人是從狗進(jìn)化而來(lái)的，后來(lái)又有一些人認(rèn)為在智商和身體的外表方面，海豚與人最相似，因而有人是從海豚進(jìn)化而來(lái)的假說(shuō)。而且人也是從海洋逐步走向陸地的。由于器官移植的發(fā)展，在尋找動(dòng)物器官代用品時(shí)又發(fā)現(xiàn)豬的基因與人很相似，因而決定用轉(zhuǎn)基因豬作為供體器官的來(lái)源，這說(shuō)明豬也可能是人的祖先。