淡水紅藻對生境的要求較高，大部分種類生活在潔凈流動的水體中，也有少數(shù)種類分布在靜止水體如湖水和池塘中。

由于淡水紅藻對水質要求較高，隨著水環(huán)境污染的日益加重，其生存受到嚴重威脅，好多種類已被歐洲國家列為瀕危物種。

淡水紅藻在漫長的進化歷史中，其演化歷程與生存環(huán)境相互作用，一部分遺傳信息的改變經(jīng)過自然選擇被固定了下來，發(fā)生基因的適應性進化。對具有重要功能蛋白質的編碼基因進行適應性進化分析，能夠揭示基因的變異和蛋白結構與功能的改變與淡水紅藻進化史的關系。

本研究選擇了1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶大亞基編碼基因rbcL、光系統(tǒng)Ⅰ反應中心(RC)跨膜復合物的中心蛋白A編碼基因psaA、光系統(tǒng)Ⅱ D1蛋白編碼基因psbA 3個重要的功能基因，通過度量核苷酸序列的非同義替換率（dN）和同義替換率（dS）的比值（）來判斷自然選擇對氨基酸位點的選擇壓力，以此判斷淡水紅藻主要譜系的基因適應性進化歷程。