行政訴訟向來就有立案難、審理難、執(zhí)行難之說。立案難主要是因為立案時需要審查案件是否合乎立案條件，一個案件能否立案需要考慮案件是否屬于案件受理范圍、起訴者是否具有原告資格、被告是否適格、訴訟請求是否具體、起訴是否在起訴期限內等因素，客觀地說，相當一部分案件依法是不能立案的。實踐中有部分人對立案登記制度存在誤讀，認為行政訴訟依法應該有案必立、有訴必理，當一些案件立不了案，便有了立案難這一說法。立案環(huán)節(jié)中不排除人為阻卻立案的情形，但絕大部分不予立案的情形仍屬于法律規(guī)定的應然不予立案的情形。
執(zhí)行難的邏輯也是相對比較好把握的，行政訴訟的被告是行政主體，其中絕大部分行政主體是行政機關，當人們談及行政訴訟案件執(zhí)行難，通常意味著行政機關已經敗訴，在調解結案時，行政機關即便不是敗訴至少是已經產生確定的需要履行某種義務了。由于行政機關地位的特殊性以及行政訴訟案件的復雜性，所謂行政案件執(zhí)行難也就不難理解了。
立案難、執(zhí)行難是相對容易理解的，行政訴訟案件緣何會出現(xiàn)審理難呢？一種可能是主審法官存在畏難情緒，不愿意判被告敗訴，法官因畏難情緒不愿判決被告敗訴，對于這種狀態(tài)下的審理難是能夠理解的，畢竟行政權較之于行政審審判權要強大得多。隨著法官保障制度的逐步完善，行政法治的進一步規(guī)范與完善，這種情形的審理難會逐步得到控制與扭轉。
審理難還存在一種同主審法官主觀方面沒有太大關系，或者說關聯(lián)度相對較小的情形，也就是說一部分行政案件本身就是難的，這些案件在訴訟中的表現(xiàn)形態(tài)必然是審理難。這種案件并不一定是法律關系復雜程度超出了法官的職業(yè)能力范圍，很多時候是其中的利益關系過于復雜，案件裁判社會影響往往超出了行政訴訟要求的對案件進行合法性審查這一專業(yè)要求，這種案件的裁判對主審法官來說是一種選擇難。