本書從實用的角度出發(fā)介紹了如何解析蛋白質晶體結構。全書分為6章，主要內容包括蛋白質結晶的方法、蛋白質晶體衍射數(shù)據收集、蛋白質晶體結構解析軟件的安裝和使用、蛋白質晶體結構文件提交到PDB的步驟及使用軟件呈現(xiàn)蛋白質結構的方法。本書貼近實際操作，避開了各種深層次物理原理和數(shù)學知識，更多地講解了軟件操作流程與如何根據參數(shù)指標分析蛋白質晶體解析結果，易于具有生物科學背景的研究者理解；適用于蛋白質晶體結構研究領域的初學者和具備一定實驗經驗的研究者。
蘇紀勇，東北師范大學生命科學學院副教授。德國圖賓根大學生物學專業(yè)博士，德國馬克斯普朗克遺傳與發(fā)育研究所博士后。主要研究與糖類相互作用的蛋白質，包括半乳糖凝集素家族、C型凝集素、糖苷水解酶和糖苷轉移酶等。
第一章 蛋白質結晶前準備
第一節(jié) 目的蛋白質信息檢索與調查
第二節(jié) 質粒制備
第三節(jié) 蛋白質純化
第四節(jié) 蛋白質不表達和包涵體問題
第五節(jié) 蛋白質活性鑒定
第六節(jié) 蛋白質結晶前分析
第二章 蛋白質結晶與衍射數(shù)據收集
第一節(jié) 蛋白質結晶
第二節(jié) 蛋白質晶體衍射數(shù)據收集
第三章 蛋白質晶體結構解析軟件安裝
第一節(jié) Linux系統(tǒng)安裝
第二節(jié) 蛋白質晶體結構解析軟件安裝
第四章 Index、integrate與scale
第一節(jié) 一些晶體結構學知識
第二節(jié) 蛋白質晶體結構解析流程
第三節(jié) Index和integrate
第四節(jié) Scale
第五節(jié) 使用XSCALE功能進行scale
第六節(jié) 使用HKL2000進行index、integrate和scale
第五章 分子置換、構建優(yōu)化與結構提交
第一節(jié) 分子置換
第二節(jié) 蛋白質晶體結構構建
第三節(jié) 蛋白質晶體結構優(yōu)化
第四節(jié) 蛋白質晶體結構驗證
第五節(jié) 蛋白質晶體結構提交到PDB
第六章 蛋白質晶體結構展示
第一節(jié) pdb格式文件簡介
第二節(jié) PyMOL制作蛋白質晶體結構圖
第三節(jié) 使用PyMOL制作蛋白質配體結合位點的信息
第四節(jié) 使用PyMOL調查蛋白質的溫度因子B-factors
第五節(jié) 使用PyMOL重疊對比不同的蛋白質晶體結構
第六節(jié) 使用PyMOL顯示蛋白質晶體結構中配體的電子密度圖
第七節(jié) PyMOL結合Chimera實現(xiàn)同時顯示非對稱單元的蛋白質分子
參考文獻
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