中文對(duì)生物的命名往往詩(shī)意有加，嚴(yán)謹(jǐn)性稍遜。從葛洪發(fā)現(xiàn)的葛仙米（念珠藻）即可見(jiàn)一斑。始于列文虎克的現(xiàn)代微生物研究已約350年，國(guó)際上始于1980年的唯一性命名也近40年，但中國(guó)迄今未有統(tǒng)一規(guī)范的微生物命名。而今微生物的新屬種鑒定分析早已今非昔比，一日千里地快速發(fā)展。與此相對(duì)的，中國(guó)學(xué)者對(duì)于微生物的命名明顯不足了，即使近年來(lái)中國(guó)學(xué)者在微生物資源挖掘和鑒定中，已躍居世界前列，但是命名的屬種卻存在較多不規(guī)范和問(wèn)題，甚或無(wú)中文名，這對(duì)于師生教學(xué)或公民地位十分微妙，亦可能違反《中華人民共和國(guó)教育法》（1995）和《中華人民共和國(guó)國(guó)家通用語(yǔ)言文字法》（2000）。
　　中文微生物命名，離不開(kāi)借鑒拉丁文命名。240多年前林奈（Linne或Linnzeus或Linnaeus，其姓氏在植物學(xué)中，簡(jiǎn)寫為“L.”）制定的植物拉丁文雙名法，同樣在微生物命名中延續(xù)。這種延續(xù)很有意思，因?yàn)楫?dāng)今世界交流語(yǔ)言中，拉丁文基本被廢除，拉丁文已是一種瀕臨消亡語(yǔ)種，而這種雙名法卻在動(dòng)植物和微生物中依然頑強(qiáng)地存在并不斷演化。我們分析認(rèn)為，嚴(yán)謹(jǐn)性和簡(jiǎn)潔性都很重要，更重要的卻是其唯一性原則，即一一對(duì)應(yīng)，單菌種都有唯一的體現(xiàn)其基本物性的名字，比人類命名自己的姓名還要嚴(yán)格的規(guī)則。而讓這種陌生的語(yǔ)言被現(xiàn)代人理解，釋義已是必要件。
　　本書在原核生物的中文命名中，力求唯一性、延續(xù)性和簡(jiǎn)潔性，逐步實(shí)現(xiàn)全面科學(xué)性。從實(shí)踐來(lái)看，要對(duì)譯好已有拉丁文菌名，建立屬于中國(guó)的微生物命名分類體系，并能被外界所理解和掌握，幾乎需要同時(shí)涉及掌握微生物語(yǔ)言、微生物生境和源屬性、人名和機(jī)構(gòu)名、化學(xué)、生物學(xué)、地理學(xué)和地質(zhì)學(xué)等基本要求，不亞于編輯一部小型的百科全書。
　　原計(jì)劃完成一本，隨著大家的重視，此書最后一分為二，一為《原核微生物資源和分類學(xué)詞典》，一為《原核微生物資源和分類學(xué)》（待版）。
　　本書的排列中仍然以拉丁文的字母順序排列�；�本上以對(duì)譯為主，絕大部分遵守名從其主的原則。所謂對(duì)譯，而不是翻譯，是因?yàn)閺?qiáng)調(diào)中文和拉丁文之間的雙向互動(dòng)（一些拉丁文也是源自中文），而非僅僅是一種被動(dòng)的接受。本詞典對(duì)中文微生物菌名，首次給出中文詞源，加粗顯示，也是為了強(qiáng)調(diào)不僅是翻譯，實(shí)際上更是建立一種中文微生物命名的標(biāo)準(zhǔn)。中文菌名除了標(biāo)點(diǎn)，字詞之間沒(méi)有分割符，不給出詞源，將產(chǎn)生很多的歧義，也不容易標(biāo)準(zhǔn)化，嘗試建立中文微生物命名標(biāo)準(zhǔn)，這也是本書的一項(xiàng)原創(chuàng)。