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阿拉善雙峰駝基因組學(xué)研究一書重點介紹了阿拉善雙峰駝飼養(yǎng)特點，從阿拉善雙峰駝基因組和宏基因組不同的研究方法角度，分析阿拉善雙峰駝*基因組和第二基因組的特點，為實現(xiàn)阿拉善雙峰駝遺傳資源的開發(fā)提供理論指導(dǎo)。

前言

駱駝是大型的沙漠適應(yīng)性哺乳動物，在干旱地區(qū)的畜牧業(yè)經(jīng)濟(jì)中占有重要地位。駱駝基因組上保存有抗逆相關(guān)的優(yōu)良遺傳資源，有著極其重要的科研和育種價值。目前世界上已經(jīng)形成了以優(yōu)秀的物種資源為研究基礎(chǔ)，以功能基因開發(fā)利用為技術(shù)核心，以培育優(yōu)良品種為高利潤產(chǎn)品的生物產(chǎn)業(yè)模式。基因組測序技術(shù)的進(jìn)步和測序成本的降低為人們獲得物種的全基因組序列提供了條件。開展動物基因組學(xué)研究，揭示動物之間的進(jìn)化關(guān)系，發(fā)掘動物優(yōu)異基因資源，實施分子育種已經(jīng)成為目前動物科學(xué)及畜牧業(yè)的重要研究前沿領(lǐng)域。
本書共分7個章節(jié)，包括國內(nèi)外研究現(xiàn)狀，駱駝科動物全基因組序列的測序與組裝，駱駝科動物基因組的注釋，駱駝科動物基因組的進(jìn)化分析，駱駝沙漠適應(yīng)性的比較基因組學(xué)分析，雙峰駝腎臟的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析等內(nèi)容。全面系統(tǒng)地介紹了阿拉善雙峰駝、阿拉伯單峰駝和羊駝三個駱駝科動物的基因組測序組裝結(jié)果和基因注釋結(jié)果；從分歧的遺傳原因、分歧時間和種群歷史變化三個方面系統(tǒng)地揭示了這三個駱駝科動物的進(jìn)化史；證實了駱駝科動物通過其特有的加速進(jìn)化以適應(yīng)干旱、高原等不利的環(huán)境。揭示了長期限水條件下，駱駝低能量消費的經(jīng)濟(jì)模式以及駱駝腎臟在水分保持上進(jìn)化出的特殊補(bǔ)償機(jī)制。對雙峰駝、單峰駝和羊駝進(jìn)行全基因組測序、組裝、注釋和進(jìn)化研究，為揭示駱駝科動物的進(jìn)化歷史及駱駝的沙漠適應(yīng)性，開發(fā)駱駝優(yōu)秀種質(zhì)資源奠定基礎(chǔ)。
本書由國家自然科學(xué)基因項目(31402106，31660648)、內(nèi)蒙古自治區(qū)高等學(xué)�？茖W(xué)研究項目(NJZC16189) 以及內(nèi)蒙古民族大學(xué)博士科研啟動基金（BS364）資助。
由于作者水平有限，書中疏漏或不妥之處在所難免，懇請同行和讀者批評指正。

著者201811

第1章引言

11研究背景和意義

12國內(nèi)外研究進(jìn)展

121駱駝科動物的進(jìn)化

122現(xiàn)存駱駝科動物的生物學(xué)特性

123生物信息學(xué)及其發(fā)展歷史

124基因組測序技術(shù)

13研究內(nèi)容

第2章駱駝科動物全基因組序列的測序與組裝

21材料與方法

211試驗材料

212DNA提取及檢測

213基因組測序

214測序數(shù)據(jù)過濾

215K-mer分析估計基因組大小

216小片段數(shù)據(jù)糾錯

217駱駝科動物基因組的組裝

218駱駝科動物基因組的測序效果評價

22 結(jié)果與分析

221DNA樣品檢測結(jié)果

222基因組測序結(jié)果

223測序數(shù)據(jù)過濾結(jié)果

224K-mer分析估計基因組大小的結(jié)果

225小片段數(shù)據(jù)糾錯的結(jié)果

2263個駱駝科動物基因組的組裝結(jié)果

2273個駱駝科動物基因組的組裝后基因組分析

23討論

231測序物種的選擇

232測序平臺與策略

233基因組大小的估計

234基因組的組裝指標(biāo)

24本章小結(jié)

第3章駱駝科動物的基因組注釋

31材料與方法

311試驗材料

312重復(fù)序列注釋

313基因預(yù)測

314功能注釋

315ncRNA注釋

316基因集評估

317直系同源關(guān)系分析

32結(jié)果與分析

321重復(fù)序列注釋統(tǒng)計結(jié)果

322基因預(yù)測統(tǒng)計結(jié)果

323功能注釋統(tǒng)計結(jié)果

324ncRNA注釋統(tǒng)計結(jié)果

325基因集評估統(tǒng)計結(jié)果

326直系同源關(guān)系分析結(jié)果

33討論

331駱駝科動物基因組重復(fù)序列的注釋

332駱駝科動物基因組基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測

333駱駝科動物基因組基因功能和非編碼RNA的注釋

34本章小結(jié)

第4章駱駝科動物基因組進(jìn)化分析

41材料與方法

411試驗材料

412共線性鑒定

413片段復(fù)制分析

414基因家族聚類分析

415物種進(jìn)化樹的構(gòu)建

416物種分歧時間的計算

417分支特異性Ka/Ks率計算

418SNP判讀和分布比較分析

419群體歷史重建

42結(jié)果與分析

421共線性鑒定結(jié)果

422片段復(fù)制分析結(jié)果

423基因家族聚類分析結(jié)果

424物種進(jìn)化樹的構(gòu)建結(jié)果

425物種分歧時間的計算結(jié)果

426分支特異性Ka/Ks率計算結(jié)果

427SNP判讀和分布比較分析結(jié)果

428群體歷史重建結(jié)果

43討論

431駱駝科動物基因組的共線性與片段復(fù)制

432駱駝科動物進(jìn)化關(guān)系和分歧時間推算

433駱駝科動物的選擇壓力

434駱駝科動物的群體歷史規(guī)模的變化

44本章小結(jié)

第5章駱駝沙漠適應(yīng)性的比較基因組學(xué)分析

51材料與方法

511試驗材料

512基因家族收縮擴(kuò)張分析

513正選擇分析

514包含特異氨基酸變異的蛋白篩查

515基因獲得和缺失

516快速進(jìn)化

52結(jié)果與分析

521基因家族收縮擴(kuò)張分析結(jié)果

522正選擇分析結(jié)果

523包含特異氨基酸變異的蛋白篩查結(jié)果

524基因獲得和缺失結(jié)果

525快速進(jìn)化基因結(jié)果

53討論

531駱駝能量代謝

532駱駝應(yīng)激能力

533駱駝對沙塵和日照的適應(yīng)性

534駱駝對缺水的適應(yīng)性

54本章小結(jié)

第6章雙峰駝腎臟的轉(zhuǎn)錄組分析

61材料與方法

611試驗材料及試驗處理

612RNA提取及檢測

613RNA樣品處理與測序

614轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)過濾

615基因表達(dá)水平計算

616差異表達(dá)基因篩選

617差異表達(dá)基因的GO功能顯著性富集分析

618差異表達(dá)基因的通路顯著性富集分析

62結(jié)果與分析

621RNA提取檢測結(jié)果

622轉(zhuǎn)錄組測序的堿基組成和堿基質(zhì)量分析結(jié)果

623雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基本分析結(jié)果

624雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)注釋結(jié)果

625雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因差異表達(dá)分析結(jié)果

626雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因的GO分析結(jié)果

627雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因的通路富集分析結(jié)果

63討論

631駱駝腎臟鈉重吸收相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄特點

632駱駝腎臟水孔蛋白基因家族轉(zhuǎn)錄特點

633駱駝腎臟的高滲調(diào)節(jié)特點

634駱駝腎髓質(zhì)有機(jī)適應(yīng)性滲透物的調(diào)節(jié)

635駱駝腎髓質(zhì)的滲透調(diào)節(jié)與血糖

636駱駝腎髓質(zhì)的滲透保護(hù)

64本章小結(jié)

第7章全書總結(jié)

71全書結(jié)論

72研究創(chuàng)新點

73有待進(jìn)一步研究的內(nèi)容

731基因組組裝版本的更新

732基因組注釋工作的完善

733駱駝科動物進(jìn)化基因的研究

734駱駝腎臟生理的分子和細(xì)胞學(xué)研究

縮略詞表

附錄

參考文獻(xiàn)

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