一般說來，大部分隱性基因所表現(xiàn)的性狀對生物體的生長發(fā)育有不同程度的不良作用，因此，近親繁殖往往帶來不良的后果，如生活力衰退、畸形出現(xiàn)，甚至若干系會絕滅。但近親繁殖絕不是創(chuàng)造不良性狀，只是使它暴露出來，通過選擇，淘汰那些表現(xiàn)不良特性的隱性基因，留下優(yōu)良個體，繁殖若干代后，建立自交系或新品系，這是家系選擇的基本方法。近親繁殖也使不帶有不良作用和符合人類經濟要求的隱性性狀表現(xiàn)出來，便于選出。畜牧和家禽的家系選育表明，近親繁殖而造成的生活力的衰退和不良性狀的出現(xiàn)，在近親的早代比較明顯，隨著代數(shù)的增加，衰退的程度逐漸減少，以至于某一代不再下降。

　　近交和選擇是家系選育中建系的重要手段。一個群體近親繁殖，如果不經選擇，后代群體中的顯性基因數(shù)目和隱性基因數(shù)目的比并不改變。近親繁殖是使具有顯性性狀穩(wěn)定的個體及隱性性狀出現(xiàn)的個體同樣有表現(xiàn)的機會。一般顯性性狀對生長發(fā)育有較良好作用，隱性性狀有不良作用，所以表面上只看到不良性狀的暴露，如生活力下降等，但另一方面，有關增加生活力和其他優(yōu)良性顯性基因，同樣有純合機會。優(yōu)良個體不再分離是育種上的有利之點。因此，在近親繁殖的同時，進行選擇，有積累顯性基因、減少隱性基因的作用。通過嚴格選擇可以防止近親繁殖所帶來的不良后果。同時，從一個混雜的群體中或從一個雜交體中，通過近親繁殖可以分離出若干性狀有別的家系、小家系或近交系，系內的個體由于有比較高度而又相同的純合百分率，就有基本一致的表現(xiàn)型。這樣性狀就相當穩(wěn)定，良種上將其稱為固定。這種家系便稱為純系或純種。

　　為了使不同家系的遺傳性狀更具有可比性，要在盡可能相同的條件下進行家系選育。如：不同家系親本的交配產卵或人工授精的時間盡可能一樣，魚種放養(yǎng)的大小盡可能一致，各家系單養(yǎng)時養(yǎng)殖魚塘或水體的大小盡可能一致，并保證有一定數(shù)據(jù)的重復試驗。也可以采用不同的標記（電子標記、熒光標記和分子標記等）對不同家系進行同塘混養(yǎng)，最大限度地減少養(yǎng)殖條件造成不同家系間的差異。

　　由于家系選育牽涉到的家系一般都比較多，各家系之間不允許有混雜，因此選育時要建立系譜檔案，制定一套家系選育的檔案資料及系譜記錄，記錄原始材料的來源、原有性狀、開始年月、各代選育成績、各家系間的關系（如果需要）等，以便可以根據(jù)記載的資料進行分析研究，得出可靠的結論。

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