第1章　兩派權威學者進化史觀的差異 1
1.1　辛普森：達爾文以后的進化研究 3
1.2　木村資生：從拉馬克到中立學說 6
第2章　19世紀達爾文后的兩位偉大進化論學者 19
2.1　對魏斯曼和�？藸柧哂杏绊懙�19世紀思潮 19
2.1.1　達爾文的進化理論的確立 19
2.1.2　自然神論和因果聯(lián)系決定論 19
2.2　成就魏斯曼和�？藸柕目茖W背景 23
2.2.1　細胞學取得的成果 23
2.2.2　胚胎學取得的成果 25
2.2.3　古生物學狀況：特創(chuàng)論當?shù)?27
2.2.4　遺傳學狀況：混合遺傳觀念主導 27
2.3　魏斯曼 28
2.3.1　魏斯曼關于遺傳問題的見解 30
2.3.2　魏斯曼《生殖質說一種遺傳理論》的序言 32
2.3.3　魏斯曼的生殖質假說 36
2.3.4　魏斯曼的進化思想 37
2.4　�？藸� 38
2.4.1　�？藸柶淙� 38
2.4.2　�？藸柪L制出第一個生物進化系統(tǒng)樹 39
2.4.3　�？藸栂到y(tǒng)樹中的缺失的環(huán)節(jié) 41
2.4.4　海克爾認為全部生物最早的共同祖先是Monera 42
2.4.5　原蟲說 45
2.4.6　�？藸柕脑�蟲說在馬克思主義哲學上的價值 46
2.4.7　海克爾的重演說 47
2.4.8　一元論哲學的倡導者 50
第3章　達爾文主義的低谷時期 53
3.1　新拉馬克主義 53
3.2　定向進化理論 54
3.3　德弗里斯的突變論 55
3.4　生物統(tǒng)計學派與孟德爾學派的論爭 57
第4章　進化的綜合理論 59
4.1　進化的綜合理論的主要特點 59
4.2　進化的綜合理論有兩個發(fā)源地 60
4.3　數(shù)理群體遺傳學（或稱群體遺傳學） 61
4.4　進化遺傳學 66
4.4.1　突變類型的概念 67
4.4.2　基因突變 67
4.4.3　基因重組 68
4.4.4　染色體畸變 68
4.4.5　堿基置換 70
4.4.6　插入與缺失 72
4.4.7　基因組重復 74
4.4.8　基因作用的多效性 75
4.4.9　突變與生存率關系的相對性 76
4.5　遺傳多樣性 76
4.5.1　遺傳多樣性的概念 76
4.5.2　愛爾蘭大饑荒 76
4.5.3　群體的命運視基因庫的情況而定 77
4.5.4　基因水平轉移是增加遺傳多樣性的有效方式 77
4.5.5　物種的歷史長短與遺傳多樣性的大小有關 77
4.5.6　基因組分析技術的進步會發(fā)現(xiàn)許多異常多樣性 79
4.5.7　保持作物和家畜的遺傳多樣性 79
第5章　生物多樣性與分類學發(fā)展 80
5.1　人類對生物多樣性的認識源遠流長 80
5.2　古希臘、古羅馬及我國的古代學者對物種多樣性的認識 81
5.3　世界上第一個植物園、動物園、博物館的誕生，有力地推動了人們對物種多樣性的認82
5.4　分類學是人類最早認識物種多樣性的學問，林耐的偉大貢獻 83
5.4.1　植物學和動物學由于林耐而到達了一種近似的完成 83
5.4.2　《自然體系》是林耐最重要的著作 84
5.4.3　林耐創(chuàng)立了二名法及人為分類體系 85
5.4.4　林耐派遣其弟子奧斯貝克來中國采集 86
5.4.5　林耐的先驅們 87
5.4.6　林耐的世界觀與歷史唯物主義評價 88
5.4.7　林耐的榮譽與晚年 89
5.5　人為分類向自然分類的過渡 89
5.6　分類學向系統(tǒng)分類學的轉變 91
5.7　邁爾與斯特賓斯 91
第6章　物種與物種形成 93
6.1　定義物種概念的困難 93
6.2　生物學種概念 94
6.3　綜合理論權威學者們論物種概念 95
6.4　對邁爾種定義的批評與質疑 96
6.5　生殖隔離的起源 97
6.6　生殖隔離機制的種類 98
6.6.1　生殖前隔離 99
6.6.2　交配后隔離 100
6.6.3　特殊環(huán)境條件下，異種間的生殖隔離可以消除 101
6.7　物種數(shù)目與物種分化的關系 101
6.8　物種分化的樣式 102
6.8.1　物種分化的總樣式 102
6.8.2　物種分化的古典樣式：異域性種分化 102
6.8.3　同域性種分化 103
6.8.4　鄰域性種分化 105
6.8.5　原域性種分化 105
第7章　古生物學發(fā)展與辛普森的重大貢獻 106
7.1　對古生物的認識過程 106
7.1.1　前古希臘時期及古希臘時期 106
7.1.2　中世紀時期 107
7.1.3　文藝復興時期 107
7.1.4　17世紀到 18世紀初108
7.1.5　布豐對化石的見解 108
7.2　研究化石的學問與進化論同時登場，兩者一開始就激烈沖突 109
7.2.1　法國國立自然史博物館的三位學者 109
7.2.2　古生物學和地質學迎來發(fā)展的隆盛期 111
7.3　在達爾文進化論啟迪下一些古生物學家朝著正確方向前進 113
7.4　特創(chuàng)論古生物學家猛烈攻擊達爾文學說 114
7.5　描述古生物學為后來進化論的發(fā)展積累了豐富的資料 117
7.6　新拉馬克主義和定向進化理論興起 117
7.7　辛普森使古生物學成為進化綜合理論的中堅力量 120
7.7.1　辛普森其人 120
7.7.2　辛普森通過馬科動物研究，批判新拉馬克主義和定向進化理論 121
第8章　自然選擇 127
8.1　適應度 127
8.2　正選擇與負選擇 128
8.3　自然選擇作用的三種方式 128
8.3.1　穩(wěn)定化選擇 128
8.3.2　方向性選擇 129
8.3.3　分裂化選擇 130
第9章　進化的規(guī)模 132
9.1　小進化 133
9.2　中進化 136
9.2.1　夏威夷群島上生息著非常多的果蠅種類 136
9.2.2　夏威夷群島形成的地質學背景 137
9.2.3　唾腺染色體研究闡明了翅膀有圖案果蠅的系統(tǒng)關系 138
9.2.4　翅膀有圖案的果蠅的種分化機制 140
9.3　大進化 141
9.3.1　突變與跳躍理論 141
9.3.2　適應帶轉移與量子進化理論 141
9.3.3　同源異形基因的突變與大進化 144
9.3.4　生物大量滅絕 152
第10章　分子進化的中立理論 154
10.1　傳統(tǒng)的進化綜合理論受到嚴厲挑戰(zhàn) 154
10.2　分子進化序說（木村資生） 155
第11章　中立理論的發(fā)展 168
11.1　支持中立理論的證據(jù) 168
11.1.1　分子進化速度的一定性 168
11.1.2　置換速度依功能的重要程度而有所差異 168
11.1.3　較之非同義置換，同義置換的速度大 169
11.1.4　不具有功能的DNA區(qū)域進化速度快 169
11.2　中立理論及大致中立理論的發(fā)展 169
第12章　人類基因組計劃完成，進化學步入新時代 176
12.1　基因組概念的由來與演變 176
12.2　實施人類基因組計劃的技術前提 176
12.3　人類基因組計劃醞釀經(jīng)過 177
12.4　人類基因組計劃啟動及重要成果 178
12.5　人基因組的特征 179
12.5.1　具有蛋白質信息的基因數(shù)意外地少 179
12.5.2　在人的基因組中看到有細菌基因存在 179
12.5.3　在人的基因組中還有轉座子基因 180
12.5.4　在人的基因組中有大量重復DNA序列 180
12.5.5　單核苷酸多態(tài)性 180
12.5.6　堿基的缺失或插入 180
12.5.7　人的突變率 180
12.5.8　變異速度 181
第13章　進一步認識人類自身 182
13.1　人類基因組研究的哲學意義 182
13.2　基因組和表型組的研究相結合才能更好認識進化 182
13.3　達爾文關于人類起源的見解 183
13.4　黑猩猩與大猩猩孰與人類最近？ 184
第14章　人類進化的化石研究 187
14.1　人類的特征 187
14.2　最古的人類 188
14.3　南方古猿階段 190
14.3.1　南方古猿屬（Australopithecus）含 6個種 191
14.3.2　傍人屬（Paranthropus）是粗壯型的南方古猿 195
14.4　人屬的特點、起源與擴張 197
14.4.1　人屬的一般特點 197
14.4.2　人屬的起源 199
第15章　智人是如何進化來的 210
15.1　智人的概貌 210
15.2　尼安德特人 210
15.2.1　尼安德特人的發(fā)現(xiàn) 210
15.2.2　尼安德特人被認定為智人 211
15.2.3　尼安德特人的起源、分布與滅絕 211
15.3　現(xiàn)代人（Homo sapiens sapiens） 213
15.3.1　現(xiàn)代人的特征 214
15.3.2　現(xiàn)代人的起源 217
參考文獻231
附錄 進化學史年表235
人名索引241
結束語246